La Teoría Cromosómica de la Herencia fue propuesta independientemente por Boveri y Sutton en el año 1902 y constituyó un avance decisivo para comprender los mecanismos de la herencia mendeliana. Su principio fundamental establece que: los caracteres hereditarios ("factores" hereditarios de Mendel) se encuentran situados en los cromosomas, que son estructuras individuales y permanentes que se condensan durante la mitosis y se mantienen difusos durante la interfase. Las cromátidas durante la mitosis son distribuídas por el huso acromático hacia los polos de la célula madre en los que se formarán las células hijas (cada cromátida está unida a un polo del huso mitótico). Durante la interfase, entre mitosis y mitosis, se produce la duplicación de las cromátidas. El papel del centrosoma, descubierto por Boveri, es esencial en la formación del huso mitótico. Los cromosomas se unen en parejas de cromosomas homólogos, uno de origen materno y otro de origen paterno, que se separan en los procesos de división reduccional.
Los dos cromosomas homólogos (uno procedente del padre y el otro de la madre) se separan en la meiosis, cada gameto recibe por tanto uno de los cromosomas del par, lo que confirma la segregación de alelos propuesta por las leyes de Mendel.
Aunque en principio esta Teoría no fué aceptada por los científicos de la época, tras las conclusiones de los trabajos de Thomas Hunt Morgan (Ver entrada del 4 de abril 2017) con Drosophila melanogaster, se asumió plenamente y se pudo ver su verdadera trascendencia.
En el año 1910 y trabajando con Drosophila melanogaster Morgan pudo comprobar que existía un mutante de ojos blancos (gen "white") entre las poblaciones de moscas salvajes que presentaban ojos rojos. Cruzó un macho de ojos blancos con una hembra de ojos rojos y todos los descendientes de la F1 presentaban ojos rojos, por lo que dedujo que el carácter "ojos blancos" era recesivo; al obtener la F2 cruzando individuos de la F1 vió que todas las hembras de la descendencia tenían los ojos rojos, sin embargo los machos eran la mitad de ojos rojos y la mitad de ojos blancos. Morgan concluyó que el carácter ojos blancos solo lo presentaban los machos, por lo que el carácter en cuestión se heredaba ligado al sexo y que el gen responsable de dicho carácter residía en el cromosoma X. También afirmó que los "factores" hereditarios mendelianos estaban situados de forma lineal en los cromosomas.
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